Pracownicy Katedry Historii Nowożytnej koncentrują swoje badania przede wszystkim na szeroko rozumianej kulturze czasów nowożytnych, ale też czasów nieco późniejszych aż po historię najnowszą. W zakres zainteresowań wchodzą:

•  badania nad dziedzictwem kulturowym małych miast ziemi chełmińskiej, ziemi michałowskiej, Kujaw, północnego Mazowsza, Wielkopolski
• badania nad formami życia codziennego w ośrodkach miejskich ziemi chełmińskiej w okresie staropolskim,
• badania nad dziejami małych miast i mieszczaństwa  w Rzeczypospolitej XVI-XVIII wieku, strukturami społecznymi, kulturą materialną, gospodarką, sytuacją kobiet w małych miastach wielkopolskich w XVI-XVII wieku,
• badania nad testamentami i inwentarzami mieszkańców małych miast Rzeczypospolitej, zagadnienia związane z dziedziczeniem, ale również majątkiem mieszczan, relacje rodzinne i sąsiedzkie,
• badania nad wkładem cudzoziemców w kulturę polską czasów stanisławowskich,
• przestępczość w okresie stanisławowskim,
• badania nad występowaniem epidemii w czasach staropolskich i ich w pływem na stan demograficzny, historia medycyny
• historia Kościoła  katolickiego na przykładzie diecezji chełmińskiej: organizacja życia religijnego, formy kultu, obrzędowość, religijność, sztuka sakralna i sepulkralna,
• zagadnienia symboliki sztuki religijnej,
• badania komparatystyczne uwzgledniające przedstawienia plastyczne oraz literaturę religijną XVII i XVIII wieku,
• interdyscyplinarne badania nad symboliką europejskiej sztuki nowożytnej postrzeganej przez pryzmat historii idei i duchowości, mentalności religijnej oraz kulturowych toposów, personifikacji archetypicznych pojęć występujących w sztuce Europy Środkowej i Zachodniej (żywioły, pory roku, miesiące, strony świata, kontynenty, znaki zodiaku, zmysły, cnoty, grzechy, itp.),
• symbolice polskiej sztuki nowożytnej i jej związków z plastyczną i literacką kulturą Europy, a w szczególności z emblematyką oraz grafiką zachodnioeuropejską. analizie polskiej plastyki i piśmiennictwa religijnego doby baroku, zagadnieniom wpływu europejskich rycin na kształtowanie się polskiego malarstwa, skupiając się na procesie dokonujących się zmian w zakresie symbolicznego przesłania przedstawień,
• badaniami nad historią myśli politycznej i ekonomicznej ze szczególnym uwzględnieniem włoskiej i polskiej myśli politycznej okresu renesansu, w tym myśli politycznej Niccolò Machiavellego,
• współczesną filozofią polityczną, szczególnie problemami demokracji, wolności i globalizacji,
• rody ziemiańskie,
• powojenna ochrona zbiorów bibliotecznych,
• druki ulotne i okolicznościowe
• dzieje polskiej dyplomacji i uchodźstwa polskiego
• badania o charakterze bibliologicznym dotyczące rodziny Skórzewskich,
• dzieje ludwisarstwa staropolskiegokrytyczne edycje źródeł historycznych, inwentarzy archiwalnych i bibliotecznych .

Pracownicy katedry współpracują z wieloma instytucjami naukowymi, biorą udział w licznych konferencjach tak w kraju jak i za granicą.